Rahva armastatud pitsa Margherita nime päritolu kohta on mitu teooriat. Levinuim neist on see, et pitsa sai nime Itaalia kuninganna Margherita di Savoia järgi (1851–1926). Ühel 1889. aasta juunikuu päeval Napolis olles palunud peenest Prantsuse toidust tüdinud kuninganna linna parimal pitsavalmistajal Raffaele Espositol küpsetada kolme sorti pitsat. Üks pitsa oli küüslauguga, teine, mida kutsuti Napoli pirukaks, oli anšoovise-, tomati- ja juustutäidisega. Kolmas pitsa, mis oli tomativiilude, Mozzarel­la juustu, basiiliku ja oliiviõliga, maitsenud kuningannale väga. Kuningliku heakskiidu auks olevat Esposito nimetanud selle pitsa Margheritaks.

Itaalia kuninganna versiooni üle siiski vaieldakse, sest sama sorti pitsasid valmista­ti Napolis juba enne kuninglikku visiiti. Näiteks mainib üks kirjalik ajaloo­allikas Margherita pitsat juba 1866. aastal. 

Küll aga pole teada, kas see pitsa oli Esposito pitsaga sarnane. Alternatiivse seletuse järgi sai pitsa oma nime margareeta ehk kirikakra järgi, sest pitsa meistrid paigutasid mozzarella-lõigud ja basiiliku­lehed taina­le samamoodi nagu lilleõielehed.