Juba 1939. aasta augusti lõpus tugevdati valvet ja vaatlusi Eesti piiridel ja sisemaal. Kui 1. septembril puhkes Saksamaa ja Poola vahel sõda, kuulutas Eesti valitsus välja neutraliteedi. 2. septembril arutas valitsus mobilisatsiooni korraldamist, kuid seda ei peetud vajalikuks. Ei tahetud provotsee­rida Nõukogude Liitu, pealegi oleks mobilisatsioon tekitanud ka paanikat ja suuri kulusid. Siiski võinuks reservlaste õppustele kutsumisega tugevdada piirikattevägesid, nagu tegid Läti ja Leedu. 7. septembril saadeti kindral Johan Laidoneri korraldusel Tallinnast Saaremaale garnisoniks 50meheline komando.

Pärast Poola allveelaeva Orzeł põgenemist ööl vastu 18. septembrit Tallinna sadamast hakkasid Soome ja Riia lahte saade­tud Nõukogude sõjalaevad ja -lennu­kid alates 19. septembrist segama Eesti mere­ühendust välismaailmaga. Vastu­seks viidi Eesti Merelaevastiku divisjoni laevad 19. septembril lahinguvalmidusse. 20.–22. septembril asuti tugevdama õhukaitset ja tankitõrjet ning suurtükiväegruppidele saadeti laiali kevadel Eestisse korrastamiseks toodud 114millimeetrised haubitsad. Naissaare komandantuuris kordamisõppustel olnud reservlased kasutati ära ka merekindluste teiste patareide tugevdamiseks.

24. septembril esitati Eesti välisministrile Karl Selterile Moskvas nõue lubada Eestisse Nõukogude sõjaväebaasid. Nõukogude Liit oli koondanud Eesti ja Läti piiri taha ülekaalukad jõud ja ähvardas sõjaga, kui Eesti ei sõlmi vastastikuse abistamise lepingut. Samal päeval ilmusid Eesti õhuruumi Nõukogude Liidu merelennuväe luurelennukid.

Pärast Nõukogude Liidu nõudmiste teatavaks­saamist 25. septembril andis sõjavägede ülemjuhataja kindral Laidoner väe­osadele korralduse lõpetada väli­õppused ja koonduda oma alalistesse asukohta­desse. Katteväeosad said käsu olla valmis kattekava teostamiseks ning kaadriväeosad pidid valmistuma mobilisatsiooniks.